Muy diferente valoración nos merece el contenido del comentario con el que el señor Martínez Velasco presentó el primer dibujo del grabado publicado en 1888, correspondiente al Panteón Ducal, y que ofrecemos hoy. A lo que parece, bien informado sobre el tema, nos ofrece datos concretos y exactos sobre la importante reforma realizada em 1859 en el monumento por el XII Duque de Pastrana don Manuel Álvarez de Toledo Lasperre (a quien el autor conocía bien por sus pasados coincidentes de carlistas de primera hora), y que configuraron aquel espacio de la Colegiata tal como lo conocemos en la actualidad:

«Núm. 1. El Panteón de los Duques. Está situado debajo de la capilla mayor de la iglesia parroquial, y su planta forma cruz latina, que tiene a la cabeza un bello altar, bajo cúpula, siendo la bóveda general rebajada y sostenida por anchas pilastras que dejan espacios para las urnas sepulcrales, nueve a cada lado, y otra sobre una mesa de altar, en el testero, donde yace el obispo fundador del panteón, D. Pedro González de Mendoza.

Hace algunos años no había más que siete urnas, de piedra del país, pero muy bien trabajadas, con gusto y solidez; pero habiendo pensado el Excmo. Sr. D. Manuel de Toledo y Lesparre, Duque de Pastrana, reunir los restos mortales de sus ilustres antepasados, que en varias partes estaban repartidos, y de acuerdo con su primo el Excmo. Sr. Duque de Osuna, se procedió a traer algunas urnas del panteón de Guadalajara en número de siete, y son de mármol de Carrara.

La traslación de los Duques que había sepultados en su panteón de Guadalajara y en el cementerio de San Isidro de Madrid, se efectuó el 15 de octubre de 1859, celebrándose en Pastrana solemnes exequias.

En el pavimento de la bóveda hay dos estancias más profundas, y cada una está cubierta con dos grandes piedras con argollas de hierro; en ellas hay varias cajitas, que deben de ser enterramientos de párvulos, hijos de los Duques.

El 14 de julio de 1862 se encontró el cuerpo de D. Fray Pedro González de Mendoza, vestido de pontifical, en una sepultura de piedra, en el transparente del altar mayor, y en 26 del mismo, obtenidas las correspondientes licencias, fue trasladado al panteón.

El Excmo. Sr. D. Manuel de Toledo y Lesparre, último Duque de Pastrana, que falleció en su castillo de Pau el 26 de enero de 1886 (véanse retrato y biografía en el tomo I de dicho año, núm. VIII, págs. 129 y 130), reposa en un pequeño panteón, erigido frente a la entrada del ducal, bajo la dirección del arquitecto Sr. Ortiz de Villajos, panteón que figura dos sepulcros, como los antiguos de la misma cripta, uno que contiene ya, según decimos, los restos mortales del Duque, y otro preparado para guardar los de la Sra. Duquesa viuda».

Antes de aquella reforma el Panteón era bastante diferente, tal como podemos leer en las páginas dedicadas a Pastrana por José María Quadrado en el tomo correspondiente a Castilla La Nueva de los Recuerdos y Bellezas de España, publicado en 1853. Dicho autor, que había visitado Pastrana a mediados de agosto 1848 en su viaje preparatorio de aquel volumen, tras dejar constancia de los datos fundamentales de la historia de la localidad hasta entrar en el señorío de los Prícnipes de Éboli, nos dejó una sucinta descripción del templo y del Panteón Ducal tal como eran en esos momentos: 

«Despertóme, ya muy entrado el siguiente día, el solemne repique de campanas con que la iglesia festejaba la Asunción de nuestra Señora: una devota procesión recorría las calles que no desdeñara de tener por suyas alguna capital de provincia; y en pos de sí me condujo hasta la colegiata, honrada con este títuloen 1573 a instancias de los ilustres esposos. Su hijo, fray Pedro González de Mendoza, obispo de Sigüenza, renovó a sus espensas el edificio para entierro propio y de su familia según la inscripción que el ámbito rodea; y a su época pertenece el altar mayor, obra de buen gusto, cuyos tres cuerpos adornan columnas estriadas.  Pero el templo, con sus tres naves, ancho crucero y aplanada cúpula ha quedado insignificante; aunque las negruzcas piedras y semicirculares ventanas de la gruesa torre, las macizas columnas cilíndricas del trascoro, los arcos de aguda ojiva (y de leve herradura alguno) correspondientes a la bóveda del coro, algunos restos de crucería en forma de estrella, y la sencilla portada gótica de arco rebajado entre dos pilarcitos, son vestigios de su antigua existencia, cuales en el siglo XIII, cuales en el XIV. Siete urnas idénticas de mármol, colocadas dentro de nichos en el subterráneo panteón, custodian las cenizas del consejero y de la dama del gran Felipe y de la ducal estirpe de entrambos (1); y en sus fúnebres aniversarios brillan aun los candeleros y la cruz de ébano, los negros ornamentos de terciopelo y el paño de tumba ricamente bordado que se estrenaron para sus exequias». 

Estamos, pues, ante una información que sin duda ayudará a conocer mejor la historia reciente de la colegiata, posiblemente la época a la que los estudiosos del monumento han dedicado menos páginas.