Precisamente al cumplimentar en 1575 aquellas Relaciones enviadas a la corte de Felipe II los representantes del concejo de Auñón nos dejaron la que sin duda es la primera descripción de su puente al consignar que «en la dicha Rivera de Tajo, término de esta villa, … ay una puente de cal y canto que tiene tres arcos, el de en medio es grande, y los dos son pequeños». 

Y aunque por entonces ya no se cobraba pontaje ni ningún otro derecho por cruzarlo, tenemos documentación que prueba que la ruta abierta con la construcción de aquel puente a la salida de Entrepeñas se estaba convirtiendo en aquellas décadas de la segunda mitad del siglo XVI en una de las más transitadas de toda la Alcarria. Especialmente desde que en el año 1545 una gran crecida del río cuando llevaba una de las maderadas de Cuenca que solían transportarse por su cauce, derrumbó el puente de Zorita. Como quiera que el puente zoriteño no volvió a reconstruirse, sustituyéndolo por una simple barcaza, la vía que transitaba por el de Auñón canalizó desde entonces la mayor parte del trasiego de personas, ganados y mercancías de toda la comarca.  

Esto fue así especialmente durante las principales operaciones militares. Su posición estratégica en las comunicaciones que desde el Levante y La Mancha buscaban los puertos del Sistema Central para pasar hacia la Meseta Norte, hizo que durante la Guerra de Sucesión uno de los contingentes de los ejércitos del Archiduque Carlos de Austria causara daños de consideración en el puente cuando en 1710 se dirigían hacia Brihuega para impedir el tránsito de las tropas de Felipe V, según recoge don Juan Catalina García López en la obra citada.

Los desperfectos no debieron de ser irreparables y el puente volvió a canalizar casi todo el tránsito del Tajo alto. Así, un siglo después, el control del puente de Auñón volvió a ser clave durante las contiendas que los guerrilleros de El Empecinado y Villacampa sostuvieron con las tropas francesas durante la Guerra de la Independencia.

Como aquel era el único paso fácil del Tajo de toda la Alcarria, las tropas francesas habían fortificado en 1809 el pueblo de Auñón para acantonarse en su interior y desde allí controlar un amplio territorio, construyendo también un fortín en la cabecera sur del puente. 

Así las cosas, tras protagonizar varias escaramuzas con las tropas francesas en los alrededores durante los meses siguientes, los guerrilleros españoles decidieron en el mes de marzo de 1811 hacerse con el control del puente. Del desarrollo de la batalla, que tuvo lugar el día 23 de dicho mes, nos han llegado dos versiones muy diferentes, como suele ocurrir en los casos en que el resultado de los enfrentamientos bélicos no es totalmente favorable a uno de los bandos contendientes.

Del lado español, tenemos un testimonio relativamente cercano a los hechos, publicado en 1881 por don Francisco Corona, cura de Sacedón, en el que recogió los recuerdos que los vecinos de aquella villa tenían del suceso, según el cual la jornada fue un éxito rotundo de los guerrilleros, que habían obligado a huir a los franceses de dicho pueblo:

«… los vecinos de Sacedón advirtieron a la mañana siguiente que había desaparecido la tropa francesa que guarnecía la aspillerada plaza, llegando a poco las brigadas del Empecinado y Villacampa. (…) En el mismo día determinaron aquellos aguerridos partidarios acometer a los que defendían el fortín del puente, a donde también se refugiaron los que huyeron de Sacedón; alzaron al efecto las compuertas del molino harinero, dejando casi en seco la presa, cruzando por ella un batallón que siguió su marcha por las crestas del monte a caer encima del puente por la derecha del Tajo; otro batallón tomó el camino de la Coronilla y fue a situarse sobre la parte de la izquierda del referido puente; por manera que ambos batallones dominaban y cruzaban sus fuegos contra el fortín. A más de esto, un escuadrón vadeó el Tajo frente a la atalaya de Auñón (…). 

A las primeras descargas, los franceses que defendían el fuerte tuvieron que abandonarlo, y en su huida al citado Auñón se encontraron con el escuadrón que había cruzado el Tajo, cortándoles la retirada, haciéndolos a todos prisioneros, trayendo a los que sobrevivieron como en triunfo a este pueblo y encerrándolos en la iglesia y casas contiguas».

Del lado francés tenemos una crónica diferente, publicada el 28 de marzo, pocos días después de la batalla, en la "Gazeta de Madrid", nombre que recibía entonces el Boletín oficial, que obviamente estaba en sus manos: «El enemigo se presentó al llegar delante del puente en número de 40 hombres de infantería y 700 caballos para forzar el paso. El capitán Vivien del regimiento 55º, encargado de disputarle el paso, defendió este puesto importante hasta el último extremo; pero habiendo consumido todas sus municiones, y viéndose rodeado por todas partes de enemigos, de los quales una parte había vadeado el Tajo, executó su retirada hacia Auñón, haciendo 50 prisioneros, y sembrando de cadáveres los flancos del camino, cuyo paso le disputaban los insurgentes.

El teniente Bumann, del Real Extrangero, que ocupaba un pequeño reducto [se refiere al fortín construido a la entrada del puente] con 25 hombres, fue cogido por los enemigos, como también su destacamento; pero del modo más glorioso, pues toda su gente estaba herida quando se rindió, habiendo consumido todas sus municiones.

Villacampa, luego que pasó el Tajo, dirigió todos sus esfuerzos contra Auñón. El coronel Hugo, que mandaba en este punto los batallones del 55º y del Real Extrangero, se defendió con el mayor valor, e hizo muchas salidas, las quales fueron todas desastrosas para el enemigo. El gefe de batallón Bossú fue herido levemente en una de estas cargas, habiéndose distinguido en ellas por su valor y por su conducta.

Finalmente, los rebeldes, debilitados con la pérdida que habían sufrido, desanimados por la inutilidad de sus esfuerzos, e intimidados por la llegada del general Hugo, que, habiendo sabido en Brihuega los movimientos del enemigo, se puso inmediatamente en marcha para socorrer el punto de Auñón, se resolvieron a renunciar a una empresa que el valor de nuestras tropas hacia inútil, y a efectuar su retirada.

La pérdida del enemigo ha sido enorme: sus muertos y heridos ascienden a más de 700 ú 800 hombres, y sus prisioneros a 100. 

Por nuestra parte hemos tenido 21 muertos, 30 heridos y 25 hombres y un oficial también heridos, que han quedado prisioneros».

Como se ve, versiones muy distintas de un enfrentamiento del que sabemos que aquel día el puente de Auñón con su fortín quedó en manos de los guerrilleros españoles, mientras que las tropas francesas consiguieron mantener Auñón en su poder, tras recibir los refuerzos al mando del general Hugo que llegó a socorrerlos desde Brihuega.